Город находится в 209 км от аэропорта Уфы.
Путь из аэропорта Уфы в Межгорье Башкортастан занимает в среднем 2 часа 50 минут. Межго́рье (баш. МФА: Межгорьео файле) — город (с 1995 года) в Республике Башкортостан Российской Федерации. Является закрытым административно-территориальным образованием, образует городской округ (Россия) ЗАТО город Межгорье в составе двух обособленных микрорайонов: Межгорье-Центральное и Межгорье-Юго-Западное. Межгорье-Центральное расположено в 226 км по автодороге к юго-востоку от столицы Республики Башкортостан города Уфы, в 83 км по автодороге к северо-западу от города Белорецка и в 163 км по автодороге к северо-западу от города Магнитогорска, на территории Южно-Уральского заповедника, у подножья горы Ямантау, на высоте около 500 метров над уровнем моря. Рядом протекает река Малый Инзер, в которую впадает река Большая Кузъелга.